Kolegiata św. Anny położona jest przy ulicy św. Anny, w sąsiedztwie Collegium Medicum i Collegium Maius. Jest kościołem akademickim Uniwersytetu Jagiellońskiego.
Pierwszy drewniany kościół wybudowany w XIV wieku spłonął w pierwszej połowie XV w. Wówczas na jego miejscu wzniesiono murowany kościół w stylu gotyckim. Jego fundatorem był król Władysław Jagiełło i z jego inicjatywny kościół dostał się w 1418 pod opiekę Akademii Krakowskiej. Wyburzono go w latach 1689-1703 na koszt Akademii i zastąpiono obecnym, wykonanym według projektu Tylmana z Gameren. Uchodzi za jedną z najpiękniejszych budowli barokowych w Polsce.
Budowla jest trzynawową bazyliką z transeptem i prosto zamkniętym prezbiterium. Nawa główna jest sklepiona kolebkowo z lunetami, a na skrzyżowaniu wznosi się ośmioboczna kopuła z tamburem. Fasada jest flankowana wieżami zwieńczonymi późnobarokowymi hełmami projektu księdza Sebastiana Sierakowskiego.
Bogaty wystrój wnętrza (w tym ołtarze) jest zaprojektowany i wykonany przez Baltazara Fontanę, obrazy malowali Karol Dankwart i Innocenty Monti. W ołtarzu głównym umieszczony jest obraz św. Anny, pędzla Jerzego Siemiginowskiego (1699-1703). Figury świętych po bokach (św. Stanisław i św. Wojciech) wyrzeźbił Fontana w 1701 roku. W prawym ramieniu transeptu znajduje się konfesja św. Jana Kantego zawierająca relikwie kanonizowanego w 1767 patrona Uniwersytetu Jagiellońskiego. Obok umieszczono wota, wśród których znajdują się buńczuki tureckie zdobyte przez Jana III Sobieskiego pod Wiedniem w 1683.